Έχει μελετήσει το θέμα του μαθήματος των θρησκευτικών στα σχολεία όσο κανείς.Η άποψή του αποτέλεσε την ομόφωνη θέση της Εκκλησίας της Ελλάδος στις συνομιλίες της με το υπουργείο.

Σταθερός στην άποψη ότι το μάθημα των θρησκευτικών που διδάσκονταν μέχρι τώρα στα δημοτικά,γυμνάσια και λύκεια,ανταποκρίνονταν πλήρως στο Ευρωπαϊκό δίκαιο.Ουδέποτε είχαν ομολογιακό ή κατηχητικό χαρακτήρα.Απεναντίας είχαν χαρακτήρα γνωσιολογικό,πολιτισμικό και συγχρόνως θρησκειολογική αναφορά. Ως εκ τούτου δεν υπήρχε πραγματικό θέμα να δημιουργηθεί. Δεν μπορούμε να διακινδυνεύουμε την ενότητα του Ελληνικού λαού χάριν μερικών οπαδών.
Η Εκκλησία εργάστηκε και εργάζεται για την ενότητα του λαού, γνωρίζοντας όλοι την μακροχρόνια πολιτιστική, ψυχολογική, οικονομικής, αλλά κυρίως πολιτιστικής προσφοράς
Ως ο αρχαιότερος θεσμός η Εκκλησία,ακόμη και από την συγκρότηση του Ελληνικού κράτους,απαιτείται σεβασμός σε έναν θεσμό που κουβαλά μαζί του έναν ολόκληρο πολιτισμό.
Δεν πρέπει να επιδιώκεται δήθεν σύγκρουση με την Εκκλησία για να ικανοποιούνται μερικοί οπαδοί.Αυτό είναι έγκλημα εναντίον της εκκλησίας και του Έθνους, εκτός αν κάποιοι θέλουν να χωρίσουν το Έθνος από την Εκκλησία.
Ο κ. Ιερόθεος συνοψίζει τους δύο λόγους που τον κράτησαν μακρυά από τη συμμετοχή του στην επιτροπή μελέτης των νέων προγραμμάτων για το μάθημα των θρησκευτικών, ενώ εξέφρασε την ελπίδα να μην φτάσει η Εκκλησία στο σημείο να αλλάζει εύκολα αποφάσεις, χάριν της διπλωματίας.