Η κόντρα του Νίκου Φίλη με την Εκκλησία για το μάθημα των Θρησκευτικών και όχι μόνο αλλά και η σημερινή του επιμονή να παραμείνει Υπουργός μόνο στο Παιδείας τον οδήγησε εκτός της κυβέρνησης.
Ο νέος Υπουργός Παιδείας Κώστας Γαβρόγλου υπήρξε στενός συνεργάτης του Νίκου Φίλη.
Είχε οριστεί πρόεδρος της Επιτροπής Μορφωτικών Υποθέσεων της Βουλής που προώθησε τις αλλαγές στο Γυμνάσιο και σχεδίαζε τις αλλαγές στο Λύκειο (μαζί με την Επιτροπή Εθνικού Διαλόγου του Αντώνη Λιάκου).
Σε στις 29.05.2016 υπεραμύνθηκε των απόψεων του Νίκου Φίλη για τα Θρησκευτικά. Στην ερώτηση δημοσιογράφου:
“Θα αλλάξει τελικά ο χαρακτήρας των Θρησκευτικών; Ο κ. Φίλης μιλάει για ένα μάθημα με ισχυρότερα τα στοιχεία της θρησκειολογίας. Η πλευρά της Εκκλησίας αντιδρά και κάνει λόγο για επιβολή από το Σύνταγμα του ομολογιακού χαρακτήρα του μαθήματος”.
ο Κώστας Γαβρόγλου είχε απαντήσει:
“Πείτε μου μία χώρα της Ευρώπης όπου υπάρχει το μάθημα των Θρησκευτικών και διδάσκεται όπως στη χώρα μας. Μία”.