Την άρνησή του στην ειδική επιτροπή για το μάθημα των είχε εκφράσει ο μητροπολίτης Ναυπάκτου Ιερόθεος, όπως ισχυρίζεται ο ίδιος σε άρθρο του: “Στήν πρόσφατη Ἱεραρχία τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος (Ὀκτώβριος 2016), πού συζητήσαμε τό μάθημα τῶν Θρησκευτικῶν στά Σχολεῖα, πολλοί Ἱεράρχες ἐπέμεναν νά ἀποδεχθῶ τήν πρόταση νά συγκαταλέγομαι στήν Ἐπιτροπή πού θά κάνη διάλογο μέ τό Ἰνστιτοῦτο Ἐκπαιδευτικῆς Πολιτικῆς γιά τό νέο Πρόγραμμα Σπουδῶν πού ἔχει εἰσαχθῆ στά Σχολεῖα τῆς Ἑλληνικῆς Ἐπικράτειας καί γιά τά βιβλία τά ὁποῖα θά συγγραφοῦν.

Μέ πολλή λύπη ἀρνήθηκα νά συμμετάσχω σέ αὐτήν τήν Ἐπιτροπή, ὄχι ἀπό κάποια ἀντίδραση, ἀλλά γιατί διαπίστωσα ὅτι δέν ὑπάρχει σαφής εἰκόνα πάνω στό θέμα αὐτό, καί ἕνας διάλογος πού θά γίνη σέ ἄλλη βάση θά εἶναι ἀτελέσφορος.

Ἔχω μελετήσει ἐπισταμένως πάρα πολλά κείμενα, ἤτοι τόν ὀγκώδη φάκελλο ἀπό τίς Συνεδριάσεις τῆς Διαρκοῦς Ἱερᾶς Συνόδου τῶν τελευταίων ἐτῶν, τά ὑπάρχοντα βιβλία καί τό νέο Πρόγραμμα Σπουδῶν, ἀλλά καί κείμενα πού προῆλθαν ἀπό τό Ἰνστιτοῦτο Ἐκπαιδευτικῆς Πολιτικῆς, τούς ἐμπειρογνώμονες τοῦ Ὑπουργείου, τήν Πανελλήνια Ἕνωση Θεολόγων καί τήν Ἕνωση Θεολόγων Καιρός, διατριβές, γνωμοδοτήσεις νομικῶν καί πανεπιστημιακῶν, ἀποφάσεις τῶν Θεολογικῶν Σχολῶν κλπ.

Παρατήρησα ὅτι ἡ Πολιτεία εἶχε ἕνα συγκεκριμένο στόχο, τόν ὁποῖον ἐφήρμοζε, τόν ὁποῖο παρακολουθοῦσε καί τελικά τόν ὑλοποίησε ἄσχετα ἀπό τίς ἀλλαγές στά Κυβερνητικά σχήματα καί στήν ἡγεσία τοῦ Ὑπουργείου Παιδείας.
(…)

Ἐπειδή, ὅμως, ἤμουν εἰσηγητής καί στήν Διαρκῆ Ἱερά Σύνοδο (Ἰαν. 2016) καί στήν Ἱεραρχία τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος (Μάρτιος 2016), ὅπου ἐλήφθη καθαρή ἀπόφαση, εἶχα τήν ἄποψη ὅτι δέν πρέπει νά γίνη νέος ἀτελέσφορος διάλογος καί γι’ αὐτό δέν ἀποδέχθηκα νά συμμετάσχω σέ ἕναν διάλογο, ὁ ὁποῖος δέν θά εὐδοκιμήση ὅσον ἀφορᾶ τίς ἀποφάσεις τῆς Ἐκκλησίας”.

(Ναυπάκτου Ἱερόθεος, Ἀνάτυπο γιά τά Θρησκευτικά, Ὀκτώβριος 2016)- Παρέμβαση