Η τροπολογία του Υπουργείου Παιδείας που αφορά τη λειτουργία των Τμημάτων Ένταξης (ΤΕ) σε καμία περίπτωση δεν «καταργεί» αλλά αντίθετα αναβαθμίζει τα Τμήματα Ένταξης και το ρόλο των εκπαιδευτικών τους, διαχέοντας το έργο τους στο σύνολο της σχολικής μονάδας. Η τροπολογία λαμβάνει υπόψη τις σύγχρονες παιδαγωγικές κατευθύνσεις που προβάλλουν την ανάγκη ανάπτυξης των συνεργατικών μεθόδων, την προσαρμογή του σχολείου στις ανάγκες του μαθητή και την προάσπιση των δικαιωμάτων των παιδιών για ένα σχολείο για όλους χωρίς διακρίσεις.
Η κάλυψη των ειδικών εκπαιδευτικών αναγκών των μαθητών εντός του φυσικού και οικείου περιβάλλοντος της τάξης-ομάδας τους, αποτελεί μέρος των θεμελιωδών δικαιωμάτων των μαθητών και υποχρεώσεων της πολιτείας για ισότιμη πρόσβαση στη γνώση χωρίς διακρίσεις και περιθωριοποιήσεις.
Ως εκ τούτου είναι παιδαγωγικά ορθό να μην απομακρύνεται ο μαθητής από το χώρο της τάξης του για να υποστηριχθεί εξατομικευμένα, όταν αυτό μπορεί να γίνει μέσα στην τάξη, υπό την οργανωμένη συνεργασία του εκπαιδευτικού της τάξης και του εκπαιδευτικού του ΤΕ. Από τη μακρόχρονη λειτουργία των ΤΕ έχουμε συχνές αναφορές δυσαρέσκειας και σε ορισμένες περιπτώσεις αρνήσεις των γονέων και των μαθητών για υποστήριξη εκτός του πλαισίου της τάξης.
Παρ’ όλα αυτά και επειδή οι εκπαιδευτικές ανάγκες ορισμένων από τους μαθητές που υποστηρίζονται στα ΤΕ μπορεί να απαιτούν αυστηρά εξατομικευμένο πρόγραμμα και προστατευμένο χώρο, στην τροπολογία προβλέπεται ρητά η δυνατότητα υποστήριξης μαθητών σε ιδιαίτερο χώρο. Η ρητά διατυπωμένη αυτή πρόταση αναγνωρίζει την ύπαρξη ανάγκης απομάκρυνσης του μαθητή από την τάξη, όταν αυτό επιβάλλεται από τις ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες του. Επιπλέον, η κάλυψη κάποιων εκπαιδευτικών διαδικασιών όπως οι ειδικές αξιολογήσεις, οι συζητήσεις και συμφωνίες ή η κάλυψη κάποιων κοινωνικοσυναισθηματικών αναγκών των μαθητών όπως η απόσυρση για ηρεμία και ανάκτηση της αυτοκυριαρχίας, η διαφύλαξη της εχεμύθειας και εμπιστοσύνης, η συμβουλευτική υποστήριξη, οπωσδήποτε απαιτούν την ύπαρξη του ιδιαίτερου αυτού χώρου.
Όμως, η πρόταξη των συμφερόντων των μαθητών και η αναγνώριση του δικαιώματος της ανάπτυξης της προσωπικότητάς τους, των δεξιοτήτων και της δημιουργικότητάς τους, καθώς επίσης και των πνευματικών και φυσικών ικανοτήτων τους στο μέγιστο δυνατό βαθμό, σύμφωνα με τις σύγχρονες αρχές της ψυχολογίας και της παιδαγωγικής αλλά και τις βασικές αρχές της οικουμενικής διακήρυξης των δικαιωμάτων των ατόμων με αναπηρία, επιτυγχάνονται καλύτερα εντός του φιλικού και οικείου περιβάλλοντος της ομάδας τους. Γι αυτό το λόγο η απομάκρυνση των μαθητών από την τάξη, εφόσον επιβάλλεται από τις ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες τους, θα πρέπει να έχει απώτερο στόχο τη μελλοντική ένταξη αυτών στο περιβάλλον της τάξης τους.
Άμεσα οφέλη και αποτελέσματα από αυτή τη νέα λογική λειτουργίας των ΤΕ αναμένεται να είναι η αποτελεσματικότερη υποστήριξη περισσοτέρων μαθητών ταυτόχρονα εντός της τάξης τους, η ανάπτυξη των συνεργατικών δεξιοτήτων των εκπαιδευτικών και η απόκτηση τεχνογνωσίας στη διαφοροποίηση της διδασκαλίας και στην προσαρμογή του εκπαιδευτικού υλικού και του μαθησιακού περιβάλλοντος.