Υπέρ της συνταγματικότητας της παύσης λειτουργίας της Ανώτατης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Θεσσαλονίκης τάχθηκε κατά πλειοψηφία η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας.
Με την απόφαση 1919/2024 κρίθηκε επίσης πως η μεταφορά των εν ενεργεία σπουδαστών της στην αντίστοιχη σχολή της Αθήνας δεν έρχεται σε αντίθεση με τις συνταγματικές διατάξεις περί επικρατούσας θρησκείας και θρησκευτικής ελευθερίας, αλλά εξυπηρετεί την ορθολογική και αποτελεσματική λειτουργία της δημόσιας Διοίκησης.
Το Δικαστήριο έκρινε ότι η αλλαγή αυτή δεν παραβιάζει την δικαιολογημένη εμπιστοσύνη των εν ενεργεία σπουδαστών.
Όμως, οι σύμβουλοι επικρατείας διαπίστωσαν ότι η αδράνεια της Διοίκησης να ρυθμίσει τα ζητήματα σχετικά με την κατάσταση των μεταφερόμενων σπουδαστών (υπολειπόμενα εξάμηνα φοίτησης, κατοχύρωση βαθμολογίας, στέγαση, σίτιση κ.λπ.) δεν είναι νόμιμη.