Η πρώτη πραγματικότητα που θέτει ήδη υπό αμφισβήτηση την εγκυρότητα του τρόπου σύγκλησης και των αποφάσεων της λεγόμενης Μεγάλης Συνόδου στην Κρήτη είναι η απουσία τεσσάρων Ορθοδόξων Εκκλησιών από τις εργασίες της Συνόδου. Η θέση των Φαναριωτών ότι και σε άλλες Συνόδους υπήρχαν απουσιάζουσες Εκκλησίες οι οποίες εκ των υστέρων αναγνώρισαν τις αποφάσεις, είναι μεν ιστορικά ορθή, δεν θα έχει όμως εφαρμογή στην προκειμένη περίπτωση.
Και τούτο διότι η Εκκλησία της Ρωσίας, και όχι μόνο αυτή, κρίνει ήδη ως αντικανονική τη σύγκληση της Συνόδου. Οι απουσίες δεν υπάρχουν λόγω ανυπέρβλητων προβλημάτων όπως εμπόδια στη μετακίνηση των Αντιπροσωπειών ή πολιτικά και στρατιωτικά γεγονότα που δεν επιτρέπουν τη συμμετοχή κάποιων στη Σύνοδο. Οι απουσίες είναι εκούσιες και στηρίζονται σε υπαρκτά προβλήματα τα οποία έπρεπε να έχουν λυθεί, αν όντως επιδίωξη ήταν η Σύνοδος αυτή να αποτελέσει φανέρωση της ενότητας της Εκκλησίας. Τα προβλήματα υπάρχουν και δεν είναι μικρά, όσο κι αν κάποιοι από τους συμμετέχοντες προσπαθούν να τα υποβαθμίσουν. Αν ήταν τόσο ασήμαντα, τότε θα είχαν επιλυθεί πριν τη σύγκληση της Συνόδου! Αλλά αυτό δεν συνέβη.
Τα δύσκολα ωστόσο για όσους μετέχουν στη Σύνοδο δεν έχουν ακόμη γίνει φανερά. Οι Φαναριώτες, όπως αποκάλυψε , ερμηνεύουν τον Κανονισμό της Συνόδου και τη δυνατότητα τροποποιήσεων των κειμένων ως εξής: Κάθε τροποποίηση που θα υποβληθεί από μία Εκκλησία για να γίνει αποδεκτή θα πρέπει να έχει το σύνολο των ψήφων των υπολοίπων Εκκλησιών. Αν έστω και μία Εκκλησία δεν υπερψηφίζει την τροπολογία, αυτή θα απορρίπτεται. Αντίθετα τα κείμενα όπως έχουν κατατεθεί στη Μεγάλη Σύνοδο κρίνονται ως πανορθοδόξως συμφωνημένα και οδηγούνται προς τελική έγκριση και υπογραφή με μόνη δυνατότητα αμφισβήτησής ή αλλαγής τους την παραπάνω διαδικασία των τροπολογιών. Από τη Δευτέρα οι αντιπροσωπείες των Εκκλησιών που προσήλθαν στη Σύνοδο προσδοκώντας την ουσιαστική αλλαγή των κειμένων θα βρεθούν ενώπιον μιας διαδικασίας που τουλάχιστον θα τους δημιουργήσει αμηχανία. Το ζητούμενο είναι πως θα αντιδράσουν τελικά στις φαναριώτικες αυτές μεθοδεύσεις…