Η Ένωση Αθέων καταβάλλει εργώδεις προσπάθειες για την επαναφορά στο προσκήνιο του ζητήματος των απαλλαγών από τα Θρησκευτικά. Το ζήτημα έχει οριστικά λυθεί με τις και την που αποτέλεσε συμμόρφωση της διοίκησης με τις δικαστικές αποφάσεις. Ωστόσο η Ένωση Αθέων επιδιώκει να «ανοίξει» και πάλι το θέμα.
Για το σκοπό αυτό κινητοποίησε την Αρχή Προστασίας Δεδομένων Προσωπικού Χαρακτήρα η οποία ήδη αφού το παρέπεμψε για συζήτηση στην Ολομέλεια. Ο νομικός Σύμβουλος της ΠΕΘ κ. Κρίππας ήδη απηύθηνε προς τον Υπουργό Δικαιοσύνης ζητώντας τον έλεγχο των αποφάσεων της ΑΠΠΔ επί θέματος επιλυθέντος τελεσίδικα από τη δικαιοσύνη όπως αυτό των απαλλαγών.
Επιπλέον η Ένωση Αθέων συναντήθηκε πρόσφατα με τον Αναπληρωτή Υπουργό Παιδείας κ. Τάσο Κουράκη υποβάλλοντας υπόμνημα με τα γνωστά αιτήματά της για πλήρη αποθρησκειοποίηση της παιδείας. Στο που εξέδωσε επιχαίρει επειδή «ο Υπουργός εξέφρασε την πρόθεσή του να επιλυθούν το συντομότερο δυνατόν» τα ζητήματα που του έθεσαν. Είναι φανερή η προσπάθεια της Ένωσης Αθέων να εμφανίσει τον Υπουργό ως υποστηρικτή των θέσεών της. Τα πράγματα όμως δεν είναι ακριβώς έτσι διότι ο Υπουργός γνωρίζει ότι είναι υποχρέωση της Πολιτείας η συμμόρφωση προς τις δικαστικές αποφάσεις και ότι οι γνωμοδοτήσεις της ΑΠΠΔ δεν μπορούν σε καμία περίπτωση να αποτελέσουν λόγο μη εφαρμογής δικαστικών αποφάσεων. Τέλος να σημειωθεί ότι σκοπός της Ένωσης Αθέων δεν είναι η προάσπιση των δικαιωμάτων των μελών της, καθώς ουδείς εμποδίζει όσους δηλώνουν εγγράφως άθεοι να απαλλάσσονται από τα Θρησκευτικά, αλλά η διευκόλυνση όλων των μαθητών –και των Ορθοδόξων- στη λήψη απαλλαγής από τα Θρησκευτικά για διάφορους χρησιμοθηρικούς λόγους (ένα λιγότερο μάθημα, προετοιμασία για εξετάσεις κλπ) ώστε διαρκώς να υποβαθμίζεται η θρησκευτική παιδεία στα ελληνικά σχολεία.